Linux-приложения для химии. Описания программ

ChemTool	приложение для отрисовки органических формул
GABEdit	интерфейс к системам вычислительной химии
Kalzium	таблица Менделеева
KAtomic	игра на составление химических формул
OpenBabel	химическая экспертная система
RasMol	приложение для визуализации молекул
XDrawChem	приложение для отрисовки химических структур

ChemTool

Двухмерный редактор химических структур. Позволяет добавлять подписи к структурам и экспортировать полученные изображения в форматах XFig или Postscript. После построения структуры показывает общую формулу, молекулярную массу и процентное соотношение веществ в полученном продукте. В архив программы входит набор примеров рисунков молекулярных структур.

Снимок экрана

Версия GET-School 2.0

Ссылки

домашняя страница проекта

↑ Вернуться к списку приложений

GABEdit

Графический интерфейс пользователя к системам вычислительной химии GAMESS (US), GAUSSIAN, MOLCAS, MOLPRO, MPQC, OpenMopac, и Q-Chem. Программа может создавать входные файлы данных для этих систем и визуализировать результаты вычислений. Отображает молекулярные орбитали, поверхности (могут быть сплошными, прозрачными, каркасными, или иметь индивидуальный цвет), электронную плотность, электростатический потенциал, ЯМР экранирование, рассчитанные UV-Vis, ИК и КР спектры. Позволяет анимировать нормальные колебания, вращение геометрии, поверхностей, контуров, плоскостей и осей молекул. В программе реализована иммитация молекулярной динамики (с использованием параметров Amber 99). Поддерживается экспорт полученных изображений в форматы BMP, JPEG, PNG, PPM и PS, а также генерация наборов изображений для последующей анимации.

Снимок экрана

Версия GET-School 2.0

Ссылки

↑ Вернуться к списку приложений

Kalzium

Компьютерная версия периодической системы химических элементов. Содержит информацию о 103 химических элементах, включая массу, заряд, химические и энергетические данные, модель атома, изображение и историю открытия. Возможно настроить отображение нумерации, состояния вещества и цветовые схемы в различных вариантах. Входит в пакет образовательных программ KDE Education Project. Распространяется согласно GNU GPL.

Снимок экрана


Версия GET-School 1.5	Версия GET-School 2.0

Ссылки

↑ Вернуться к списку приложений

KAtomic

Обучающая игра-головоломка. Цель игры - составить молекулу из разбросанных по игровому полю отдельных атомов, расположив их в правильном порядке. Распространяется согласно GNU GPL.

Снимок экрана


Версия GET-School 1.5	Версия GET-School 2.0

Ссылки

↑ Вернуться к списку приложений

OpenBabel

Свободная химическая экспертная система, как правило используемая для преобразования форматов файлов, полученных из различных хемоинформационных программ. Консольный интерфейс системы аналогичен использованному в оригинальной проприетарной системе babel. Одноимённая библиотека, входящая в пакет OpenBabel, широко используется авторами экспертных систем молекулярного моделирования. Приложение является кроссплатформенным, написано на C++ и доступно в версиях для UNIX и Windows. Распространяется на условиях GNU GPL.

Основные возможности:

химическая экспертная система;
преобразование форматов;
поиск фрагментов (с использованием спецификации SMILES для однозначного описания состава и структуры молекулы химического вещества с использованием символов ASCII).

Снимок экрана


Версия GET-School 1.5	Версия GET-School 2.0

Ссылки

↑ Вернуться к списку приложений

RasMol

Визуализатор молекул, преимущественно используемый для изучения и получения изображений пространственных структур биологических макромолекул, в основном белков и нуклеиновых кислот. Исходными данными для визуализации служат координаты атомов молекулы, распространяемые в файлах формата PDB (Protein Data Bank).

Снимок экрана

Версия GET-School 2.0

Ссылки

↑ Вернуться к списку приложений

XDrawChem

Программа для отрисовки химических структур. Позволяет создавать изображения химических структур с фиксированными длинами и углами. Имеется автоматическое выравнивание структур в реакциях, автоматическое рисование колец, генерация структурных диаграмм, прогнозирование ядерного магнитного резонанса 1H NMR, 13C NMR, простых IR-спектров и предполагаемых величин pKa, экспорт изображений в форматах PNG, BMP, EPS и SVG и встроенная библиотека типовых химических структур. Поддерживает форматы ChemDraw и форматы пакета OpenBabel. Возможно создание трёхмерных изображений с помощью подключаемых визуализаторов (таких как, Build3D).

Снимок экрана

Версия GET-School 2.0

Ссылки

домашняя страница проекта

↑ Вернуться к списку приложений

Ссылки

Step

Интерактивный двухмерный эмулятор физики. Возможна эмуляция механики частиц, пружин, твердых тел, деформации, гравитационных и кулоновских сил, звуковых волн, молекулярной динамики, газа и жидкости, конденсации и испарения. Имеются возможности обнаружения и отслеживания столкновений, конвертирования единиц, вычисления выражений, указания и определения погрешностей при расчетах. Предоставляется контекстная информация по всем объектам, имеется встроенный просмотрщик Википедии. Свойства объектов могут быть интерактивно изменены при моделировании.

Снимок экрана

Версия GET-School 2.0

Ссылки

домашняя страница проекта

↑ Вернуться к списку приложений

Linux-приложения для химии. Описания программ

Наши партнеры